Barentssekretariatet i Kirkenes ble etablert i oktober 1993, og hadde opprinnelig en funksjon som praktisk tilrettelegger for det første norske formannskapet i Barents Regionråd.
Barentssekretariatet ble etablert i kjølvannet av signeringen av Kirkeneserklæringen 11. januar 1993, da Norge, Sverige, Finland og Russland ble enige om et samarbeid i den euro-arktiske Barentsregionen.
Les denne artikkelen om etableringen av Barentssamarbeidet
I 1998 ble eierskapet overført til de tre nordligste fylkene; Nordland, Troms og Finnmark. Den formelle overtakelsen skjedde 6. november 1998 og sekretariatet ble et interkommunalt selskap (IKS) fra 1. januar 1999.
Etter etableringen av det Internasjonale Barentssekretariatet i 2008 har det norske Barentssekretariatet få direkte oppgaver rettet mot Barents Regionråd og Barents Regionkomité. Hovedoppgaven er i dag fortrinnsvis å fremme norsk-russisk samarbeid gjennom å legge til rette for godt folk-til-folk prosjektsamarbeid. Sekretariatet er også et kompetansesenter for regionalt samarbeid og har et bredt nettverk av kontakter i Barentsregionen. Våre ansatte samarbeider også tett med organer i EU og andre internasjonale organisasjoner.